根据联盟协议，原驻扎在杭州的三千新军组成的革命军即日启程南下温州和台州，因为新军起义前，认定童保暄为起义最高将官，所以朱瑞自动让位，让童保暄当了革命军的最高指挥官，革命军随后便效仿振和欧洲兵制，将浙南的清兵整合在了一起，建成了一个七千人的师团，下辖三个团，原新军三千人为一个团，旧军分成两个团，新军随后便离开杭州南下温州、丽水。
振控制的杭州军政府在杭州被攻占后第二天即宣告成立，颁布的各项政策全部参照上海军政府法令和规章来拟定，包括行政制度，政府下属部门结构，公务员编制等。军政府设立主席一人，由马朝云兼任浙江军政府主席，管理浙江军政要务，行政院的主要官员由军政府负责安排和任命，由汤寿潜、沈钧儒任行政院院和副院，下属教育、司法等部门官员从原浙江地方官员之中选拔任用。
浙江省的税收、财政政策也实行上海军政府的新制度，减免税收的条款大体一致，以尽快安定民心，恢复生产，减轻农民负担，使农民生产粮食的积极性大幅提高。
由于有了上海的经验，浙江方面的军政工作安排都比较及时到位，杭州城内也为发生大规模骚乱事件，只有少股流氓、地痞和恶势力趁乱实行打砸抢，被振很快平定，整个浙江省都未出现大规模的骚乱事件。
各地部队的改编工作正在紧张进行，对投降振持反对意见的原清兵将领此时也大多闭口不言，少数继续发表抵制言论的顽固分子则被揪出来作为典型，驱逐出境，原清兵大部分将领都留任，部分军职由振派军官过来接手，以方便振对这些改编部队的控制，改编部队随即都被强制剪了辫子，但军服军帽尚未更换，还需要等后方工厂生产出成批量的军服才可。
振现在已开始逐步换装统一的淡绿色军装，统一的带前沿的军帽、钢盔和鞋袜、腰带、被褥等，营地宿舍建设也要渐渐统一起来，这部分收编部队将在半个月内完成换装。
位于杭州的浙江军政府机构很快就建立了起来，一周内便可挂牌上岗，目前工作的重心还在军事上，民政工作由行政院安排。
童保暄和朱瑞率领的革命军抵达温州之后的第二天，福建清兵便开始集结福州和宁德等地的一万五千兵力向北奔袭过来，这股清兵走的是福鼎境内的分水关，分水关自古以来是浙江东南沿海通往福建的战略要道，过了分水关，福建清兵就可直逼温州地区，但由于浙东南地区地势险峻，多山地丘陵，所以清兵的行动比在平原地区要滞缓很多，不过一万五千人的兵马对上革命军的七千人，实力显然大大强过对方，期对抗之下，武器装备处于劣势的革命军很难取胜。
这次清廷已没有丝毫保留，不顾福州等地防务空虚之险，将福建清兵的精锐部队大部北调，含精锐的炮兵、工程兵、骑兵等兵种都派了出来，力求一举击溃浙南的革命军，收复浙南失地，然后直抵振南翼，与北洋军一起，南北对振形成合围之势，待北洋军大部队奔袭至常州、宜兴等地时，再联合展开行动，向中心压缩振的防地，将他们步步逼退到狭小的苏南地区，再伺机剿灭。
但这只是清政府的一个战略计划罢了，计划赶不上变化，振也不会坐以待毙，而且振并非浙南的革命军可比，强大的炮火和轻武器装备优势就足够能抵挡住数量远大于己方的部队进攻，而且振不会坐在原地挨打，找准机会也照样会主动出击。随着武昌起义的临近，李天成并不担心北方赶来的三万多北洋军精锐，他预料到时北洋军必定会分兵讨伐武昌，这样苏南之困便会迎刃而解，到时自己再趁乱添把火，将战场转移到其它省份，继续挖清廷的墙角。
相对弱小的革命军并非这次福建清兵作战的主要对象，革命军刚刚成立，羽翼未丰，而且革命军最致命的一点就是，他们没有自己的兵工厂，财政也相对拮据，武器弹药的持续供给极其困难，而另外一方有清政府的财政拨款支持，清兵的武器弹药供给充足，可以久不懈地作战。
在联盟协议之中，振并未答应必要时向新军提供武器弹药，而且振认为此时己方的人员大量扩充，战事吃紧，武器弹药储备并无太多盈余，无法向革命军提供支持，革命军还需自寻出路，实际上振的武器弹药供应也感到有些紧张，随着战事的日益频繁，军费开支逐渐加大，振的消耗也越来越大，短期内只能自己自足，无法提供外援。
在革命军感到清兵来势汹汹，己方只能防范于一时，但不能防范久之后，立即向振发出了求援信，但他们却同时收到了振准备西出衢州仙霞岭，进兵江西、湖南的告知信，这也是联盟协议规定的内容，一方有重大军事行动之前必须知会对方。
振这样做是有目的的，就是暂时不向革命军伸出援手，让他们感受到独自抗击清兵的艰难，等待他们最后撑不住的时候，只得将浙南防区交出来，拱手送到振手中，这样革命军的地盘一旦被振占据，振就会呆在浙南再也不走了，别人请自己过去的，总比强夺过来的好听，这样振在道义上也能讲得过去，只不过是在这种弱肉强食的年代，振也不会心慈手软，该出手时当出手，此时
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